Un sistema de electroforesis consta de dos componentes principales: una fuente de alimentación y una cámara de electroforesis. La fuente de alimentación suministra energía. El "poder", en este caso, es la electricidad. La electricidad que proviene de la fuente de alimentación fluye, en una dirección, de un extremo de la cámara de electroforesis al otro. El cátodo y el ánodo de la cámara son los que atraen las partículas con carga opuesta.
Dentro de la cámara de electroforesis hay una bandeja, más precisamente, una bandeja de fundición. La bandeja de fundición consta de las siguientes partes: placa de vidrio que va en el fondo de la bandeja de fundición. El gel se mantiene en la bandeja de yeso. El "peine" se parece a su nombre. El peine se coloca en las ranuras al costado de la bandeja de fundición. Se coloca en las ranuras ANTES de verter el gel derretido caliente. Una vez que el gel se solidifica, se retira el peine. Los "dientes" del peine dejan pequeños agujeros en el gel que llamamos "pozos". Los pozos se forman cuando el gel derretido y caliente se solidifica alrededor de los dientes del peine. El peine se retira después de que el gel se haya enfriado, dejando pocillos. Los pozos proporcionan un lugar para colocar las partículas que desea probar. Una persona debe tener mucho cuidado de no alterar el gel al cargar las partículas. Agrietar o romper el gel probablemente afectará los resultados.